fix: harden Hermes dispatch lifecycle

.codex/config.toml

@@ -25,11 +25,11 @@ project_doc_fallback_filenames = ["AGENTS.md"]
 # [agents].max_threads (codex will reject the combination).
 # `enabled = true` is required inside the table — the table form does
 # NOT auto-enable the feature without it.
-# - max_concurrent_threads_per_session: bumps default 4 → 6.
-# - min_wait_timeout_ms: 480000 ms = 8 min. Codex default is 10 s, too
-#   short for Trellis subagents that routinely take 2-10 min. Hard
-#   ceiling is 3,600,000 (1 h).
+# - max_concurrent_threads_per_session: keeps at most three bounded workers.
+# - min/default wait timeout: 120000 ms = 2 min. Codex requires the default
+#   to be greater than or equal to the configured minimum.
 [features.multi_agent_v2]
 enabled = false
-max_concurrent_threads_per_session = 6
-min_wait_timeout_ms = 480000
+max_concurrent_threads_per_session = 3
+min_wait_timeout_ms = 120000
+default_wait_timeout_ms = 120000

.github/workflows/ci.yml

@@ -51,18 +51,35 @@ jobs:
 
   package-smoke:
     needs: verify
-    runs-on: ubuntu-latest
+    runs-on: ${{ matrix.os }}
     strategy:
       fail-fast: false
       matrix:
-        node-version: [18, 20, 22, 24]
-    name: Package smoke (Node.js ${{ matrix.node-version }})
+        include:
+          - os: ubuntu-latest
+            node-version: 18
+          - os: ubuntu-latest
+            node-version: 20
+          - os: ubuntu-latest
+            node-version: 22
+          - os: ubuntu-latest
+            node-version: 24
+          - os: macos-latest
+            node-version: 24
+          - os: windows-latest
+            node-version: 24
+    name: Package/project smoke (${{ matrix.os }}, Node.js ${{ matrix.node-version }})
     steps:
       - name: Setup Node.js
         uses: actions/setup-node@v6
         with:
           node-version: ${{ matrix.node-version }}
 
+      - name: Setup Python
+        uses: actions/setup-python@v6
+        with:
+          python-version: "3.11"
+
       - name: Download package artifacts
         uses: actions/download-artifact@v8
         with:
@@ -74,14 +91,13 @@ jobs:
         run: |
           smoke_dir="${RUNNER_TEMP}/package-smoke"
           mkdir "${smoke_dir}"
-          mapfile -t tarballs < <(find "${RUNNER_TEMP}/package-artifacts" -type f -name '*.tgz' -print)
-          if [ "${#tarballs[@]}" -ne 2 ]; then
-            echo "Expected exactly two package tarballs, found ${#tarballs[@]}" >&2
-            exit 1
-          fi
+          core_tarball="$(find "${RUNNER_TEMP}/package-artifacts" -type f -name 'research-trellis-core-*.tgz' -print -quit)"
+          cli_tarball="$(find "${RUNNER_TEMP}/package-artifacts" -type f -name 'research-trellis-*.tgz' ! -name 'research-trellis-core-*.tgz' -print -quit)"
+          test -n "${core_tarball}"
+          test -n "${cli_tarball}"
 
           cd "${smoke_dir}"
-          npm install --ignore-scripts "${tarballs[@]}"
+          npm install --ignore-scripts "${core_tarball}" "${cli_tarball}"
 
           expected_version="$(node -p "require('./node_modules/research-trellis/package.json').version")"
           core_version="$(node -p "require('./node_modules/research-trellis-core/package.json').version")"
@@ -140,3 +156,96 @@ jobs:
           ];
           await Promise.all(specifiers.map((specifier) => import(specifier)));
           NODE
+
+          project_dir="${RUNNER_TEMP}/research-trellis-project-${{ matrix.node-version }}"
+          mkdir "${project_dir}"
+          cd "${project_dir}"
+          "${smoke_dir}/node_modules/.bin/research-trellis" init -y -u ci --codex --no-monorepo
+
+          node --input-type=module <<'NODE'
+          import fs from "node:fs";
+
+          const configPath = ".codex/config.toml";
+          let config = fs.readFileSync(configPath, "utf8");
+          const minimum = Number(config.match(/min_wait_timeout_ms\s*=\s*(\d+)/)?.[1]);
+          const defaultWait = Number(config.match(/default_wait_timeout_ms\s*=\s*(\d+)/)?.[1]);
+          if (!(minimum > 0 && defaultWait >= minimum)) {
+            throw new Error(`Invalid Codex wait defaults: min=${minimum}, default=${defaultWait}`);
+          }
+          if (config.includes("[hermes.context_firewall]")) {
+            throw new Error("Generated Codex config contains an unsupported Hermes table");
+          }
+
+          for (const marker of [
+            "# TRELLIS:CODEX_CONFIG:START\n",
+            "\n# TRELLIS:CODEX_CONFIG:END",
+            "# TRELLIS:CODEX_MODEL_DEFAULTS:START\n",
+            "\n# TRELLIS:CODEX_MODEL_DEFAULTS:END",
+            "# TRELLIS:CODEX_TABLES:START\n",
+            "\n# TRELLIS:CODEX_TABLES:END",
+          ]) {
+            config = config.replace(marker, "");
+          }
+          config = config
+            .replace("model = \"gpt-5.6-sol\"", "model = \"gpt-5.6-custom\"")
+            .replace(
+              "model_reasoning_effort = \"high\"",
+              "model_reasoning_effort = \"medium\"",
+            )
+            .replace("min_wait_timeout_ms = 120000", "min_wait_timeout_ms = 480000")
+            .replace("default_wait_timeout_ms = 120000\n", "");
+          config += '\n[hermes.context_firewall]\nnative_authority = "protocol"\n';
+          fs.writeFileSync(configPath, config);
+          fs.writeFileSync(".trellis/.version", "0.7.1-beta.0");
+          NODE
+
+          "${smoke_dir}/node_modules/.bin/research-trellis" update < /dev/null
+
+          node --input-type=module <<'NODE'
+          import fs from "node:fs";
+          import { spawnSync } from "node:child_process";
+
+          const config = fs.readFileSync(".codex/config.toml", "utf8");
+          if (
+            !config.includes('model = "gpt-5.6-custom"') ||
+            !config.includes('model_reasoning_effort = "medium"')
+          ) {
+            throw new Error("Legacy custom Codex model settings were not preserved");
+          }
+          if (!config.includes("min_wait_timeout_ms = 480000")) {
+            throw new Error("Legacy minimum wait was not preserved");
+          }
+          if (!config.includes("default_wait_timeout_ms = 480000")) {
+            throw new Error("Legacy default wait was not repaired");
+          }
+          if (config.includes("[hermes.context_firewall]")) {
+            throw new Error("Legacy unsupported Hermes table was not removed");
+          }
+
+          const hooks = JSON.parse(fs.readFileSync(".codex/hooks.json", "utf8"));
+          const commands = [];
+          const visit = (value) => {
+            if (Array.isArray(value)) return value.forEach(visit);
+            if (!value || typeof value !== "object") return;
+            if (typeof value.command === "string") commands.push(value.command);
+            Object.values(value).forEach(visit);
+          };
+          visit(hooks);
+          const command = commands.find((item) =>
+            item.includes("inject-workflow-state.py"),
+          );
+          if (!command) throw new Error("Codex workflow hook command is missing");
+          const [executable, ...args] = command.split(" ");
+          const hook = spawnSync(executable, args, {
+            cwd: process.cwd(),
+            input: "{}\n",
+            encoding: "utf8",
+          });
+          if (hook.status !== 0) {
+            throw new Error(`Codex workflow hook failed: ${hook.stderr}`);
+          }
+          NODE
+
+          if [ "${{ matrix.os }}" = "ubuntu-latest" ] && [ "${{ matrix.node-version }}" = "24" ]; then
+            npx --yes @openai/codex@0.145.0 --version >/dev/null
+          fi

README.md

@@ -98,7 +98,7 @@ node packages/cli/scripts/release-preflight.js verify-packed-cli
 新包发布后，可固定安装本次测试版：
 
 ```bash
-npm install -g research-trellis@0.7.1-beta.2
+npm install -g research-trellis@0.7.1-beta.3
 research-trellis --version
 ```
 
@@ -108,7 +108,7 @@ research-trellis --version
 
 ```bash
 npm uninstall -g trellis-hermes
-npm install -g research-trellis@0.7.1-beta.2
+npm install -g research-trellis@0.7.1-beta.3
 research-trellis --version
 ```
 
@@ -204,7 +204,7 @@ node /path/to/research-trellis/packages/cli/bin/trellis.js update
 
 ### 7. Agent Context Firewall
 
-每次正式角色派发先生成绑定 `hermes_revision`（Hermes 修订号）的结构化文件，正文最多 2000 字符、引用最多 3 个。`Claude Code`（Claude 代码工具）钩子只接收 `job_id`（工作编号）并替换长提示；`Codex`（代码代理平台）使用同一份紧凑派发和结果契约，在当前项目工作区协作。
+每次正式角色派发先生成绑定 `plan_revision`（计划修订号）的结构化文件，并记录创建时的 `state_revision`（状态修订号）。只有计划实际变化才会让旧派发过期，并行结果登记不会互相失效。目标正文最多 2000 字符、引用最多 3 个。`Claude Code`（Claude 代码工具）钩子只接收 `job_id`（工作编号）并替换长提示；`Codex`（代码代理平台）使用同一份紧凑派发和结果契约，在当前项目工作区协作。
 
 返回必须包含 `uncertainties`（不确定项），长日志、完整差异和搜索过程不会进入主上下文。原始跟踪保存在 `.trellis/.runtime/`（本地运行目录），成功或失败都会机械更新下一动作，但不会仅凭聊天关闭任务。
 

docs/manual/01-overview.md

@@ -11,7 +11,7 @@
 ## 前置条件
 
 - 能管理目标项目中的文件和提交。
-- 接受当前版本为 `0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 接受当前版本为 `0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 不把它当作安全隔离工具或自动科研结论系统。
 
 ## 操作步骤
@@ -45,7 +45,7 @@
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "AGPL|Hermes|未实现" README.md docs/manual/appendix-f-feature-status.md`（静态核对）。
 - 结果：项目定位、上游归属、实验性与未实现边界已对齐。

docs/manual/02-installation.md

@@ -28,22 +28,22 @@ git --version
 新包发布后，推荐固定安装本手册对应的测试版：
 
 ```bash
-npm install --global research-trellis@0.7.1-beta.2
+npm install --global research-trellis@0.7.1-beta.3
 research-trellis --version
 research-trellis --help
 ```
 
 如不希望全局安装，可临时执行：
 
 ```bash
-npm exec --yes --package research-trellis@0.7.1-beta.2 -- research-trellis --version
+npm exec --yes --package research-trellis@0.7.1-beta.3 -- research-trellis --version
 ```
 
 已经安装旧包时，先卸载旧名称，再安装新包：
 
 ```bash
 npm uninstall --global trellis-hermes
-npm install --global research-trellis@0.7.1-beta.2
+npm install --global research-trellis@0.7.1-beta.3
 research-trellis --version
 ```
 
@@ -62,7 +62,7 @@ node packages/cli/bin/trellis.js --version
 
 ## 预期结果
 
-版本命令输出 `0.7.1-beta.2`，帮助中能看到 `init`（初始化）、`update`（更新）、`workflow`（工作流）、`channel`（协作频道）和 `mem`（会话记忆）等命令。
+版本命令输出 `0.7.1-beta.3`，帮助中能看到 `init`（初始化）、`update`（更新）、`workflow`（工作流）、`channel`（协作频道）和 `mem`（会话记忆）等命令。
 
 ## 失败恢复
 
@@ -74,10 +74,10 @@ node packages/cli/bin/trellis.js --version
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`node -p "require('./packages/cli/package.json').version"`（包版本核对）。
-- 结果：源码包版本为 `0.7.1-beta.2`（测试版），运行时要求与包配置一致。
+- 结果：源码包版本为 `0.7.1-beta.3`（测试版），运行时要求与包配置一致。
 - 未验证项：本轮未重新进行全局安装，也未实时查询 `npm`（Node 包平台）标签。
 
 ## 来源

docs/manual/03-first-research-task.md

@@ -95,7 +95,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/closure.py close --task "$TASK"
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "experiment.py|task.py start|--codex" packages/cli/src packages/cli/test`（实现与测试核对）。
 - 结果：初始化、任务创建、实验校验和启动步骤与当前入口一致。

docs/manual/04-how-it-works.md

@@ -62,7 +62,7 @@
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "state_machine|approval-gate|task.py" packages/cli/src/templates`（协议与实现核对）。
 - 结果：任务生命周期有实现支持；科研状态文件已准确标为协议模板。

docs/manual/05-project-setup.md

@@ -88,7 +88,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/task.py list
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "options.yes|registry|selectedTemplate" packages/cli/src/commands/init.ts packages/cli/test/commands/init.integration.test.ts`（分支核对）。
 - 结果：默认、交互、指定模板、自定义源和 `-y`（自动确认）的失败行为已分开记录。

docs/manual/06-tasks-and-planning.md

@@ -104,7 +104,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/closure.py grill --task "$TASK" --complete \
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "plan_change|decision_state|supersedes" packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes packages/cli/test/templates/hermes-runtime.test.ts`（变更协议核对）。
 - 结果：提出、审阅、接受或拒绝、替代和校验流程已补全，并明示了结构校验边界。

docs/manual/07-spec-and-context.md

@@ -62,7 +62,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/task.py validate "$TASK"
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "implement.jsonl|check.jsonl|context" packages/cli/src/templates/trellis/scripts packages/cli/test`（上下文实现核对）。
 - 结果：上下文清单、重复检查和平台读取路径与当前模板一致。

docs/manual/08-hermes-records.md

@@ -72,7 +72,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/hermes/validate.py --task "$TASK" --kind evidence
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "validate_artifact_file|artifact_ref_errors|has_symlink_component" packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes/runtime.py`（路径与引用边界核对）。
 - 结果：示例已改为先创建产物和摘要，再写产物与证据账本；路径检查范围已明示。

docs/manual/09-experiments.md

@@ -78,7 +78,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/hermes/experiment.py validate --task "$TASK"
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n -m 1 "allowed_commands" packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes packages/cli/test/templates/hermes-runtime.test.ts`（实现与测试核对）。
 - 结果：命令允许列表和本地运行记录均可定位。

docs/manual/10-runs-and-replay.md

@@ -65,7 +65,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/hermes/runner.py replay --task "$TASK" --run-id "$RUN
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n -m 1 "run_manifest|replay" packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes packages/cli/test/templates/hermes-runtime.test.ts`（运行清单与复查核对）。
 - 结果：运行清单、输出摘要和复查失败分支均有实现与测试依据。

docs/manual/11-metrics-and-comparison.md

@@ -77,7 +77,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/hermes/report.py quality-gate --task "$TASK"
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n -m 1 "quality-gate|evidence_refs|claim_refs" packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes packages/cli/test/templates/hermes-runtime.test.ts`（门禁和引用核对）。
 - 结果：质量门禁已有账本编号存在性检查以及有效、缺失引用测试。

docs/manual/12-reports-and-claims.md

@@ -69,7 +69,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/hermes/report.py approval-gate --task "$TASK" --claim
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n -m 1 "claim-review|approval-gate" packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes packages/cli/test/templates/hermes-runtime.test.ts`（主张与审批边界核对）。
 - 结果：主张审查和审批门禁入口可定位，报告与人工批准保持分离。

docs/manual/13-workers-and-gates.md

@@ -81,7 +81,9 @@ profile: evidence
 
 ### 派发与结果防火墙
 
-1. 每次派发先创建 dispatch（派发）。命令会绑定当前 `hermes_revision`（Hermes 修订号），并同时写入兼容的 `task_card`（任务卡）。`coder`（编码代理）和 `runner`（运行代理）必须绑定当前工作包。测试、构建或代码验证 runner 必须用 `parent_job_id`（父工作编号）绑定被检查的 coder；独立实验 runner 可以不绑定。`reviewer:quality/evidence/claim/statistics`（质量、证据、主张或统计复核）也必须绑定被审查的具体工作；`reviewer:closure/safety`（关闭或独立安全复核）可以保持任务级。
+1. 每次派发先创建 dispatch（派发）。命令会绑定 `plan_revision`（计划修订号）和创建时的 `state_revision`（状态修订号），并同时写入兼容的 `task_card`（任务卡）。只有计划实际变化才会让旧派发过期；兄弟派发登记结果只增加状态修订号，不会互相失效。`coder`（编码代理）和 `runner`（运行代理）必须绑定当前工作包。测试、构建或代码验证 runner 必须用 `parent_job_id`（父工作编号）绑定被检查的 coder；独立实验 runner 可以不绑定。`reviewer:quality/evidence/claim/statistics`（质量、证据、主张或统计复核）也必须绑定被审查的具体工作；`reviewer:closure/safety`（关闭或独立安全复核）可以保持任务级。
+
+任务关闭后拒绝全部派发。任务阻塞或计划漂移时，正式编码、运行和审查会停止，但仍允许范围受限的 `planner`（规划诊断）和 `researcher`（资料研究）派发，用于找出恢复条件；它们不能借此修改任务状态或继续正式实施。
 
 ```bash
 JOB="job-$(date -u +%Y%m%d-%H%M%S)-coder"
@@ -179,7 +181,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/hermes/evidence.py summary --task "$TASK"
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-16。
-- 版本：`0.7.1-beta.2`（测试版）。
+- 版本：`0.7.1-beta.3`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n -m 1 "PreToolUse|Stop" packages/cli/src/templates/{claude,codex,shared-hooks} packages/cli/test`（钩子与门禁核对）。
 - 结果：五个正式角色、模式校验、旧角色迁移、两平台模板、最小上下文、证据工具和模式感知门禁均有自动化覆盖。