Scripts utilizados en los diferentes análisis del TFM 'Análisis de variantes genéticas asociadas a la población española'.
- GWAS.ipynb: Ejecución del GWAS en Hail para el entorno de computación local con el fichero de variantes más restrictivo, en forma de Jupyter Notebook.
- GWAS_hail.py: Ejecución del GWAS en Hail para el entorno de computación en la nube con el fichero de variantes más amplio, en forma de script de Python.
- bcftoolsVcf.sh: Comandos de bash y bcftools para el filtrado de variantes.
- plots_and_genes.R: Creación de gráficos y obtención de genes del test de neutralidad con biomaRt.
- run_gapit.R: Ejecución de los diferentes GWAS en GAPIT.
- run_popgenome.R: Ejecución de los análisis de neutralidad con popGenome.