[msschwartz21]

Builds on #357

This is a WIP. I'm leaving tests failing when i can't figure out why SWEDJ is arriving at its answer and it disagrees with what I assumed the correct answer would be.

Here's my running list of weird observations as I go through the standard test cases.

• Skip edges are ignored in the edge analysis of pred graphs. Gt skip edges are untouched.
• Skip edges are allowed and included in the analysis of divisions, see div_daughter_gap and div_daughter_dual_gap
• Swedj tolerates less matching information than we do for shifted divisions (see div_shift_bad_match_daughter and div_shift_bad_match_pred). Otherwise we seem to be in agreement for shifted divisions according to our test cases.

[msschwartz21]

I asked Claude to do a comparison of traccuracy and the royer lab implementation on all of the test cases.
compare_swedj_royer.py
Our implementation does agree with theirs, but we need to resolve the cases where they're written intention doesn't match the implementation.

Counts are edge_tp/edge_fp/edge_fn/div_tp/div_fp/div_fn; threshold=2.0

case                          traccuracy (hand)   traccuracy (dist)   royer                 status
--------------------------------------------------------------------------------------------------
empty_gt                      0/0/0/0/0/0         0/0/0/0/0/0         ERR                   ERROR
empty_pred                    0/0/2/0/0/0         0/0/2/0/0/0         0/0/2/0/0/0           ok
good_matched                  2/0/0/0/0/0         2/0/0/0/0/0         2/0/0/0/0/0           ok
fn_node_matched(0)            1/0/1/0/0/0         1/0/1/0/0/0         1/0/1/0/0/0           ok
fn_edge_matched(0)            1/0/1/0/0/0         1/0/1/0/0/0         1/0/1/0/0/0           ok
fp_node_matched(0)            2/0/0/0/0/0         2/0/0/0/0/0         2/0/0/0/0/0           ok
fp_edge_matched(0)            2/0/0/0/0/0         2/0/0/0/0/0         2/0/0/0/0/0           ok
crossover_edge                1/1/3/0/0/0         1/1/3/0/0/0         1/1/3/0/0/0           ok
gap_close_gt_gap              1/2/1/0/0/0         1/2/1/0/0/0         1/2/1/0/0/0           ok
gap_close_pred_gap            1/0/2/0/0/0         1/0/2/0/0/0         1/0/2/0/0/0           ok
gap_close_matched_gap         1/0/1/0/0/0         1/0/1/0/0/0         1/0/1/0/0/0           ok
gap_close_offset              0/1/2/0/0/0         0/1/2/0/0/0         0/1/2/0/0/0           ok
all_basic_errors              1/3/6/0/0/0         1/3/6/0/0/0         1/3/6/0/0/0           ok
empty_pred_div(1)             0/0/3/0/0/1         0/0/3/0/0/1         0/0/3/0/0/1           ok
empty_gt_div(1)               0/0/0/0/0/0         0/0/0/0/0/0         ERR                   ERROR
good_div(0)                   4/0/0/1/0/0         4/0/0/1/0/0         4/0/0/1/0/0           ok
good_div(1)                   3/0/0/1/0/0         3/0/0/1/0/0         3/0/0/1/0/0           ok
good_div(2)                   4/0/0/1/0/0         4/0/0/1/0/0         4/0/0/1/0/0           ok
fp_div(0)                     3/1/0/0/1/0         3/1/0/0/1/0         3/1/0/0/1/0           ok
fp_div(1)                     2/1/0/0/1/0         2/1/0/0/1/0         2/1/0/0/1/0           ok
one_child(0)                  3/0/1/0/0/1         3/0/1/0/0/1         3/0/1/0/0/1           ok
one_child(1)                  2/0/1/0/0/1         2/0/1/0/0/1         2/0/1/0/0/1           ok
no_children(0)                2/0/2/0/0/1         2/0/2/0/0/1         2/0/2/0/0/1           ok
no_children(1)                1/0/2/0/0/1         1/0/2/0/0/1         1/0/2/0/0/1           ok
wrong_child(0)                3/1/2/0/1/1         3/1/2/0/1/1         3/1/2/0/1/1           ok
wrong_child(1)                2/1/1/0/1/1         2/1/1/0/1/1         2/1/1/0/1/1           ok
wrong_children(0)             0/4/4/1/0/0         0/4/4/1/0/0         0/4/4/1/0/0           ok
wrong_children(1)             1/2/2/0/1/1         1/2/2/0/1/1         1/2/2/0/1/1           ok
div_daughter_gap              4/0/2/1/0/0         4/0/2/1/0/0         4/0/2/1/0/0           ok
div_daughter_dual_gap         2/0/4/1/0/0         2/0/4/1/0/0         2/0/4/1/0/0           ok
div_parent_gap                3/0/3/1/0/0         3/0/3/1/0/0         3/0/3/1/0/0           ok
div_parent_daughter_gap       1/0/5/1/0/0         1/0/5/1/0/0         1/0/5/1/0/0           ok
div_shifted_one_side_skip     4/0/2/1/0/0         4/0/2/1/0/0         4/0/2/1/0/0           ok
div_1early_end                6/2/1/1/0/0         6/2/1/1/0/0         6/2/1/1/0/0           ok
div_1early_mid                5/2/1/1/0/0         5/2/1/1/0/0         5/2/1/1/0/0           ok
div_2early_end                5/2/1/0/1/1         5/2/1/0/1/1         5/2/1/0/1/1           ok
div_2early_mid                4/2/1/0/1/1         4/2/1/0/1/1         4/2/1/0/1/1           ok
div_1late_end                 6/1/2/1/0/0         6/1/2/1/0/0         6/1/2/1/0/0           ok
div_1late_mid                 5/1/2/1/0/0         5/1/2/1/0/0         5/1/2/1/0/0           ok
div_2late_end                 5/1/3/0/1/1         5/1/3/0/1/1         5/1/3/0/1/1           ok
div_2late_mid                 4/1/3/0/1/1         4/1/3/0/1/1         4/1/3/0/1/1           ok
div_shift_min_match           0/6/7/1/0/0         0/6/7/1/0/0         0/6/7/1/0/0           ok
div_shift_bad_match_pred      0/5/7/0/0/1         0/5/7/0/0/1         0/5/7/0/0/1           ok
div_shift_bad_match_daughter  0/4/7/0/0/1         0/4/7/0/0/1         0/4/7/0/0/1           ok

Errors:
  edge:empty_gt royer: SchemaError: datatypes of join keys don't match - `match_node_id`: i64 on left does not match `node_id`: null on right (and no other type was available to cast to)
  division:empty_gt_div(1) royer: SchemaError: datatypes of join keys don't match - `match_node_id`: i64 on left does not match `node_id`: null on right (and no other type was available to cast to)

44 cases: 0 disagree, 8 differ only via the hand mapping, 2 errored, 34 agree

[cmalinmayor]

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