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fix: 发布已验收的电镜工具修复与环境统一改进 - #2
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…ize 按 MIT 统一，并登记 abTEM/gauss3 数据来源
…（当前如实报 6 处既有分叉，待回移）
…专属 _shape 变体适配矩形网格调用点；守门归零（仅豁免 electron_scattering_factor）；.gitignore 补 nul 规则（工单 15/109）
…m_file_simple主图选择(23)、高斯精炼规范实现ppa_core(27)、模型SHA锚(28)、指标脱敏(35)、Pillow/pyyaml声明(39/41)、numpy对齐(42)、skipif修正(45)、字体条件跳过(56)、README对齐(120)，含工单25 print编码守卫本目录部分（各项目pytest实跑全绿） —— 历史信息更正（2026-10-02）：本提交信息撰写时误将低优先级批次的下列工单号列入（那些修复实际由其后的低批次区域提交落地）；本提交的实际内容以 diff 为准。 误列：工单 79/80/82/90/112（已由低批次 fix(收尾区域) 落地）。
…oksPath 修正+钩子补可执行位）、91（dev 锁对齐）、94（GUI 测试 skip 收窄）、104/116/134（gitignore 注释/版本来源/spec 归并），含工单25编码守卫与 validate_real_data 安装指引改为 venv 方式 —— 历史信息更正（2026-10-02）：本提交信息撰写时误将低优先级批次的下列工单号列入（那些修复实际由其后的低批次区域提交落地）；本提交的实际内容以 diff 为准。 误列：工单 91（传递依赖部分）/94/104/116/134（已由低批次 fix(02-图像) 落地）。
…件声明对齐）、66（SSB 探测器 fftshift）、69（open 编码）、70（裸 except 收窄）、86（样品标识清理）、102（EELS 默认参数脱敏，random_seed 行为变更已在 README 注明），含工单25编码守卫 —— 历史信息更正（2026-10-02）：本提交信息撰写时误将低优先级批次的下列工单号列入（那些修复实际由其后的低批次区域提交落地）；本提交的实际内容以 diff 为准。 误列：工单 66（已由低批次 fix(05) 落地）。
…均值）、67（canvas_viewer 渲染失败可见化）、68（零断言测试补断言）、92（Python 版本声明）、101（.txt 源码副本处置）、108（pythonProject 治理）、119（dist 指引）、125/126（位深注释/整页读取），含工单25编码守卫 —— 历史信息更正（2026-10-02）：本提交信息撰写时误将低优先级批次的下列工单号列入（那些修复实际由其后的低批次区域提交落地）；本提交的实际内容以 diff 为准。 误列：工单 68/92/101/108/125/126/137（已由低批次 fix(04-统计) 落地）。
…g 来源声明如实化：重钉 n8.1.3 并同步 PROVENANCE/ci.yml 哈希）、137（本机路径清理）、44（imageio-ffmpeg 锁补录），含工单25编码守卫 —— 历史信息更正（2026-10-02）：本提交信息撰写时误将低优先级批次的下列工单号列入（那些修复实际由其后的低批次区域提交落地）；本提交的实际内容以 diff 为准。 误列：工单 76/77/137（已由低批次 fix(01-视频) 落地）。
…自检脚本崩溃路径加固）、30/43/59（TEMSuite venv 解释器与文档）、33/50/107（隐私脱敏与诊断脚本治理）、46/47/63（CI Python 3.10 口径、ruff 注释、FFmpeg 哈希闸门重钉 n8.1.3）、88（06 README）、89（JOBS 清理）、95/96/97/98（actions SHA 固定等）、117/123/127（.tools 对齐）、132（规则码注释）、53/57/58/60/61/62（失效引用与版本口径），含 ci.yml PPA deps 移除与 Known gaps 更新
…）、55（README 验收口径）、render.py 20260820 残留清理，含工单25编码守卫（verify_physics 14 项通过、守门绿）
…9 项目 venv 全量建成状态与各项目测试数；AIFORTEM_PROVISION_EXTRA/DEFERRED_EXTRA 归属更正；失效引用（py312 env/pip.ini 镜像/.review-tmp/08-历史版本）全部更正或显式标注
…nown gaps 矛盾更正）、97（compileall 排除集与分隔符）、98（ruff 固定 0.16.10）、117（docstring 补全检查项清单）、123（新克隆 no-venv 降级 info + --strict）、127（verify-envs --check-matrix 与 ci.yml 矩阵对齐守门）、132（ruff 规则码更正）、65（verify-envs 超时误判）、89（JOBS 失效条目清理）；本批收尾：check-env-isolation 锁扫描加保留名容错（两个重生的 nul 已删）、ci.yml pytest 加 -rs（94 收尾）
…erval=0 除零防护）、118/124（FFmpeg 来源声明与 GitHub API 实测对齐）、137（本机路径清理）；107 passed 含 FFmpeg 8.1.3 实跑的集成/回归用例
…ror/TclError）、104（gitignore 注释更正）、134（4 份 spec 归并为 v7.3+legacy/pyinstaller-specs）、139（回归金标声明写入测试 docstring）、103 部分（子 .gitignore 精简去重）；离域 131 passed、drift 68 OK、hrtem/stem-optimize 全过
…（PFX 口令安全传递）、83/84（许可核对，ultralytics 已登记）、99（CI 引用更正）、105（平铺 shim 换真实 cli/gui/batch_cli 模块）；PPA 工单 74（云图 extent 对齐，实测 0.50px→0）、75（worker 不读 tk 变量，主线程快照）、78（白名单校验 fail-closed+来源登记）；原子识别工单 72（导出同路径防护）、73（后台异常后恢复忙碌态）；测试注释中虚构的『前批中间态』更正；strainpp 70 项、PPA 84 项、原子识别 65 项全过
…旧快照删除）、108（pythonProject 包装层扁平化+全仓引用同步）、125（位深注释更正）、126（整页读取代价明示）、137（本机路径清理）；非晶 66 passed、特征区域 57 passed
…、70（裸 except 收窄）、86（样品标识清理）、102（Cu 分箱参数化，默认值脱敏）；4D 35 passed、EELS 48 passed
…σ=0.0906）、68（09 零断言测试补断言）、86（09 标识清理）；79/80（YOLO/torch.load 加载前哈希校验对齐训练记录口径）、82（safe_extract zip 边界）、90（onnx 锁对齐 pyproject pin 1.19.1）、112（AI 代理自述清理）、120（README 依赖锁定对齐）、137；全整合 registry.py 路径同步（108）；06-独立脚本 README/诊断脚本治理（88/107）、10-DSH README 定位（133）；09 44+55 passed、010 verify_physics 14 项过、atom-center 82 passed
…齐）、115（CONTRIBUTING.md 说明速查块为手工维护，19 处声明替换）、121/122（README 版本号与速查块逐处对齐，Debye-Waller 数值经实算核对）、139（hrtem 金标披露）；gitattributes 收尾 renormalize
- 环境契约: .tools/projects.json 20 项目清单、provision/verify/check-env-isolation/ ci-project/_envcommon/_closure_probe/normalise-pth/verify_ffmpeg_asset 与 .tools/tests - 4 个解析锁(视频/drift/4D/010) + pipeline 锁；editable 与 pth 规范化 - 18 个项目补齐公开维护文档 AGENTS.md/DEVELOPMENT.md（真实入口/符号/约束/验证） - 根 AGENTS.md 与 环境隔离说明.md 改写为公开契约（每项目独立 venv） - verify_dtype 真实入口修复(odd-byte/输出时序) + 20 项测试 - 各项目科学/行为修复与文档更正(4D dtype、09/010 相位标度、pipeline 输出契约、 PPA/atom_detector 训练入口与 source 登记、GPA 导航指向 strainpp_gpa、Suite 关闭路径) 本地检查点，不推送、不发布。
S5 首个检查点误把 public_only 理解为不进公开提交。public_only 只表示 不回灌主源码工作区根；候选 728 行均 public_git_include=true，因此这两个 公开根文件必须进公开历史。 - .github/workflows/ci.yml: 扁平仓库 CI 矩阵修复（20 项目 + 工具检查） - .gitignore: 忽略规则精简 两者 raw hash 与 S4 接受清单一致（d3c3a8e1…/3b543b47…）。
审计边界缺陷：PRUNE_PREFIXES 只含 .venv.，不含 .venv-，因此本轮创建的 备份环境 .venv-backup-py311-20261004/Scripts/Activate.ps1 被误扫并报 bare python（M strict 因此 exit 1，而 env/pins/closure 20 项全正确）。 修复：.venv- / venv- 前缀加入进入前剪枝；仅剪枝目录，普通源码目录仍扫描， src/ 下真实的裸 python 启动器仍会报出。 测试：test_isolation_audit.py 的 EXCLUDED 加入该备份名（先复现失败再修）， 46 passed。不改锁、不删旧环境。
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将此前在本机审查、修复并验收的工具更新发布到 main，并保留 PR #1 的 MIT 署名、CITATION.cff、贡献指南和中英文入口。
本次涵盖 EELS 能量轴与配置传递、非晶 uint16 映射、TEM Suite 生命周期、STEM 矩形网格 API、PPA 参数链、4D 诊断、面积工具窗口/项目加载、视频流水线及 FFmpeg 来源校验。环境安装、验证和 CI 共用项目清单，并补齐依赖锁、回归测试和维护文档。
发布准备另修正 FFmpeg CI 下载来源：从漂移的 latest 改为原构建固定标签，归档 SHA-256 严格校验。实际下载对比确认项目使用的九个运行时文件与本地已验收版本逐字节相同，没有升级二进制。Windows CI 显式采用 UTF-8，避免英文 Windows runner 在打印中文项目路径时崩溃。大体积运行时、虚拟环境、实验数据及模型权重不随源码提交。
验证依据：本地已验收版本 4b490f7 的主源码/发行布局各 20 个项目、23 个验证入口均通过，40 个目标环境隔离和依赖闭包检查通过。发布阶段另修复 TEM Suite 对隐式默认 Tk 窗口的依赖：样式、字体及状态变量明确绑定调用方提供的窗口。新增回归已证明修复前失败、修复后通过；本地 48 项 Suite 集成测试与 14 个内嵌工具构造通过。面积测试在加载业务模块后重新应用 Agg，纠正后端顺序错误（91 项通过）；Suite 与原子标注项目统一使用 pytest sys 捕获，缓解 Windows Tk 初始化与 fd 捕获的可复现干扰。受控对照 fd 为 6/600 失败、sys 为 0/600，未删减断言或新增跳过。原子标注 82 项通过、2 项既有环境跳过。其余业务源码、测试、锁文件保持已验收版本一致；治理文档合并与 CI 下载来源单独复核，远程 CI 结果见本 PR 的检查记录。
验证边界：模型 ONNX/PyTorch 对照因推理环境未安装 torch 而跳过；可选字体缺失另行标注。真实实验数据科学对照、训练效果、极大文件、新 EXE 不属于本次验收。历史 Tk 偶发失败根因未定，未保留硬编码环境补丁。