feat: add Lean Research Closure workflow

README.md

@@ -97,7 +97,7 @@ node packages/cli/scripts/release-preflight.js verify-packed-cli
 新包发布后，可固定安装本次测试版：
 
 ```bash
-npm install -g research-trellis@0.6.0-beta.31
+npm install -g research-trellis@0.7.0-beta.0
 research-trellis --version
 ```
 
@@ -107,7 +107,7 @@ research-trellis --version
 
 ```bash
 npm uninstall -g trellis-hermes
-npm install -g research-trellis@0.6.0-beta.31
+npm install -g research-trellis@0.7.0-beta.0
 research-trellis --version
 ```
 
@@ -148,10 +148,12 @@ node /path/to/research-trellis/packages/cli/bin/trellis.js update
 → 初始化或更新 Research Trellis
 → 用自然语言提出一个小任务
 → 让 AI 创建任务并补齐 planning
+→ 用 closure plan/validate 生成 1–4 个结果型工作包
 → 检查 .trellis/tasks/ 下的 prd/design/implement 产物
 → 派发一个低风险实现或检查子任务
 → 查看 Hermes worker records、报告和门禁结果
 → 运行项目自己的测试
+→ 执行 closure audit/close，确认不能提前结束
 → 决定保留、回滚或继续调整
 ```
 
@@ -187,7 +189,15 @@ node /path/to/research-trellis/packages/cli/bin/trellis.js update
 
 如果配置指向普通目录、无关仓库或不可识别的 worktree，流程会拒绝继续。
 
-### 5. 预检不是形式检查
+### 5. Lean Research Closure 防止提前结束
+
+新任务默认使用一个 Trellis task，并在内部安排 1–4 个结果型工作包。`task.json` 保存当前状态，`hermes/task-events.jsonl` 追加重要变化；每轮 hook 优先注入紧凑 Task Capsule，减少完整 PRD、历史报告和全部规范的重复加载。
+
+只有 `closure.py audit`（收口审计）通过后，`closure.py close`（关闭任务）才会写入 `completed`（已完成）。`lean`（轻量）、`standard`（标准）和 `publication`（发表）按需增加证据门禁；有限 repair（修复）不会扩大任务范围或改写已完成工作包。
+
+详见[中文手册：Lean Research Closure](docs/manual/17-lean-research-closure.md)。
+
+### 6. 预检不是形式检查
 
 `hermes:preflight`（Hermes 预检）会检查模板文件、Python 编译、Hermes hook、门禁文档、沙箱配置、模板测试、类型检查和构建。
 
@@ -208,6 +218,7 @@ node /path/to/research-trellis/packages/cli/bin/trellis.js update
 - Hermes 实验记录；
 - 子代理记录门禁；
 - planning 产物约束；
+- Lean Research Closure、Task Capsule 和有限修复；
 - 共享 worktree 检查；
 - 发布前预检。
 

docs/manual/01-overview.md

@@ -11,13 +11,13 @@
 ## 前置条件
 
 - 能管理目标项目中的文件和提交。
-- 接受当前版本为 `0.6.0-beta.31`（测试版）。
+- 接受当前版本为 `0.7.0-beta.0`（测试版）。
 - 不把它当作安全隔离工具或自动科研结论系统。
 
 ## 操作步骤
 
 1. 把它理解为叠加在现有项目和人工智能工具上的本地工作流，而不是新的编辑器或网页界面。
-2. 区分两套约定：普通任务使用 `planning`（规划中）、`in_progress`（进行中）等实际状态；`planning -> running -> review -> claim_ready -> approved`（规划、运行、复核、待审批、已审批）是科研流程协议模板，当前没有通用运行时强制每一次迁移。
+2. 区分三层状态：原版任务仍使用 `planning / in_progress / completed`（规划、进行中、已完成）；v0.7 closure 使用 `planning / ready / running / review / blocked / closed`（规划、就绪、运行、复核、阻塞、关闭）；`claim_ready / approved`（主张待审批、已批准）仍属于科研证据和人工审批协议，不能由任务关闭代替。
 3. 按以下边界决定是否采用：
 
 | 状态 | 当前含义 |
@@ -30,6 +30,7 @@
 
 - `.trellis/spec/`（项目规范目录）保存真实项目约定；
 - `.trellis/tasks/`（任务目录）保存需求、设计、实施计划和上下文清单；
+- `task.json`（任务状态）和 `task-events.jsonl`（任务事件）保存当前 closure 状态与追加式历史；
 - 每个任务下的 `hermes/`（科研记录目录）保存实验配置、运行清单、证据、主张、比较和报告；
 - 平台目录保存技能、命令、代理和钩子模板。
 
@@ -44,7 +45,7 @@
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.6.0-beta.31`（测试版）。
+- 版本：`0.7.0-beta.0`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "AGPL|Hermes|未实现" README.md docs/manual/appendix-f-feature-status.md`（静态核对）。
 - 结果：项目定位、上游归属、实验性与未实现边界已对齐。

docs/manual/02-installation.md

@@ -28,22 +28,22 @@ git --version
 新包发布后，推荐固定安装本手册对应的测试版：
 
 ```bash
-npm install --global research-trellis@0.6.0-beta.31
+npm install --global research-trellis@0.7.0-beta.0
 research-trellis --version
 research-trellis --help
 ```
 
 如不希望全局安装，可临时执行：
 
 ```bash
-npm exec --yes --package research-trellis@0.6.0-beta.31 -- research-trellis --version
+npm exec --yes --package research-trellis@0.7.0-beta.0 -- research-trellis --version
 ```
 
 已经安装旧包时，先卸载旧名称，再安装新包：
 
 ```bash
 npm uninstall --global trellis-hermes
-npm install --global research-trellis@0.6.0-beta.31
+npm install --global research-trellis@0.7.0-beta.0
 research-trellis --version
 ```
 
@@ -62,7 +62,7 @@ node packages/cli/bin/trellis.js --version
 
 ## 预期结果
 
-版本命令输出 `0.6.0-beta.31`，帮助中能看到 `init`（初始化）、`update`（更新）、`workflow`（工作流）、`channel`（协作频道）和 `mem`（会话记忆）等命令。
+版本命令输出 `0.7.0-beta.0`，帮助中能看到 `init`（初始化）、`update`（更新）、`workflow`（工作流）、`channel`（协作频道）和 `mem`（会话记忆）等命令。
 
 ## 失败恢复
 
@@ -74,10 +74,10 @@ node packages/cli/bin/trellis.js --version
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.6.0-beta.31`（测试版）。
+- 版本：`0.7.0-beta.0`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`node -p "require('./packages/cli/package.json').version"`（包版本核对）。
-- 结果：源码包版本为 `0.6.0-beta.31`（测试版），运行时要求与包配置一致。
+- 结果：源码包版本为 `0.7.0-beta.0`（测试版），运行时要求与包配置一致。
 - 未验证项：本轮未重新进行全局安装，也未实时查询 `npm`（Node 包平台）标签。
 
 ## 来源

docs/manual/03-first-research-task.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 ## 目标
 
-在一个可回滚项目中完成初始化、创建科研任务、填写实验配置并进入执行阶段。
+在一个可回滚项目中完成初始化、适度规划、执行、审计和关闭。
 
 ## 适用范围
 
@@ -43,9 +43,15 @@ printf '%s\n' "$TASK"
 - `.trellis/tasks/$TASK/prd.md`（任务需求）；
 - `.trellis/tasks/$TASK/hermes/experiment.yaml`（实验配置）。
 
-实验配置至少要给出问题、假设、数据、被测对象、指标、随机种子、环境、允许命令和产物目录。完成后校验：
+实验配置至少要给出问题、假设、数据、被测对象、指标、随机种子、环境、允许命令和产物目录。然后把任务目标、范围和完成条件写入 closure（收口计划）。这个简单任务只需要一个工作包：
 
 ```bash
+python3 ./.trellis/scripts/closure.py plan --task "$TASK" \
+  --intent "在固定样例上得到可重复的两种清洗方法比较结果" \
+  --in-scope "固定本地样例" \
+  --out-of-scope "论文级泛化结论" \
+  --done-when "两种方法均运行成功且比较结果经过检查"
+python3 ./.trellis/scripts/closure.py validate --task "$TASK"
 python3 ./.trellis/scripts/hermes/experiment.py validate --task "$TASK"
 python3 ./.trellis/scripts/task.py validate "$TASK"
 ```
@@ -56,27 +62,40 @@ python3 ./.trellis/scripts/task.py validate "$TASK"
 export TRELLIS_CONTEXT_ID=manual-first-task
 python3 ./.trellis/scripts/task.py start "$TASK"
 python3 ./.trellis/scripts/task.py current --source
+python3 ./.trellis/scripts/closure.py capsule --task "$TASK"
 ```
 
-6. 在已配置的平台中用自然语言要求代理按 `Hermes`（科研工作流）执行该任务，并先审阅任务卡、允许文件和证据标准。任务进入运行后，继续阅读[实验配置](09-experiments.md)和[运行与复查](10-runs-and-replay.md)。
+6. 在已配置的平台中要求代理只处理 capsule（紧凑上下文）里的当前工作包。实际检查通过后登记证据并关闭：
+
+```bash
+python3 ./.trellis/scripts/closure.py package-check --task "$TASK"
+python3 ./.trellis/scripts/closure.py package-done --task "$TASK" --evidence "比较测试与结果文件"
+python3 ./.trellis/scripts/closure.py audit --task "$TASK"
+python3 ./.trellis/scripts/closure.py close --task "$TASK"
+```
+
+任务进入运行后，继续阅读[实验配置](09-experiments.md)、[运行与复查](10-runs-and-replay.md)和[Lean Research Closure](17-lean-research-closure.md)。
 
 ## 预期结果
 
 - 任务目录包含 `task.json`（任务元数据）、`prd.md`（需求）、`implement.jsonl`（实现上下文）、`check.jsonl`（检查上下文）以及 `hermes/`（科研记录目录）。
 - 实验校验输出 `valid`（有效）。
-- 启动后任务状态从 `planning`（规划中）变为 `in_progress`（进行中），当前任务命令显示会话来源。
+- 启动后原版状态从 `planning`（规划中）变为 `in_progress`（进行中），当前工作包变为 `running`（运行中）。
+- 关闭后 `closure_state`（收口状态）为 `closed`（已关闭），原版状态才变为 `completed`（已完成）。
 
 ## 失败恢复
 
 - 初始化中断：修正报错后再次运行同一命令；已存在文件默认不会因 `-y`（自动确认）而被覆盖。
 - 实验校验失败：按报错补齐字段；`task.py start`（启动任务）也会先校验实验并在失败时停止。
+- 启动提示 closure 未准备：先运行 `closure.py plan`（规划）和 `closure.py validate`（校验）。
+- 关闭提示缺口：按 `audit`（审计）给出的 package、missing 和 action 处理，不要直接修改完成状态。
 - 缺少会话身份：在人工智能会话中重试，或设置唯一的 `TRELLIS_CONTEXT_ID`（会话标识）。
 - 生成内容不适合项目：先查看 `git diff`（文件差异），再用项目原有回滚方式恢复；不要立即运行卸载。
 
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.6.0-beta.31`（测试版）。
+- 版本：`0.7.0-beta.0`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "experiment.py|task.py start|--codex" packages/cli/src packages/cli/test`（实现与测试核对）。
 - 结果：初始化、任务创建、实验校验和启动步骤与当前入口一致。

docs/manual/04-how-it-works.md

@@ -19,31 +19,35 @@
 
 1. `CLI`（命令行界面）层：`research-trellis init`（初始化）复制模板，`research-trellis update`（更新）比较模板哈希，`workflow`（工作流）切换流程文件。
 2. 项目层：`.trellis/spec/`（项目规范）和 `.trellis/workflow.md`（工作流说明）保存长期规则。
-3. 任务层：`.trellis/tasks/<task>/`（任务目录）保存需求、设计、实施计划和代理上下文清单。
-4. 平台层：技能、代理和钩子读取当前会话身份、活动任务及上下文清单，再把信息交给人工智能工具。
+3. 任务层：`.trellis/tasks/<task>/`（任务目录）以 `task.json`（任务状态）保存当前 closure 状态，并保存需求、设计、实施计划和代理上下文清单。
+4. 平台层：技能、代理和钩子优先读取 Task Capsule（紧凑上下文）及当前工作包，再按需读取完整材料。
 5. `Hermes`（科研工作流）层：任务内 `hermes/`（科研记录目录）保存追加式记录、实验配置、运行清单、比较和报告。
 
 实际流程可以简化为：
 
 ```text
 初始化项目
   -> 创建任务并写 planning 产物
-  -> 启动任务，状态变为 in_progress
-  -> 平台读取活动任务和上下文
+  -> plan/validate 生成并校验 1–4 个工作包
+  -> 启动任务，状态变为 in_progress，首个工作包变为 running
+  -> 平台每轮读取 capsule 和当前工作包
   -> 工作代理按 task_card 边界执行
   -> runner 写运行清单，reviewer 检查记录
+  -> package done 后执行 closure audit/close
   -> 证据支持 claim_ready 主张
   -> human/root 记录批准后才算 approved
 ```
 
 需要特别区分：
 
 - `task.py finish`（结束当前任务）只清除当前会话的活动任务指针，不把任务标记为完成；
-- `task.py archive`（归档任务）才会把状态写为 `completed`（已完成）并移动目录；
+- `closure.py close`（关闭任务）通过审计后才把新任务状态写为 `completed`（已完成）；
+- `task.py archive`（归档任务）只移动已关闭的新任务；旧任务没有 closure 字段时保留原版兼容行为；
+- `run finished`（运行结束）、`package done`（工作包完成）、`task closed`（任务关闭）和 `claim approved`（主张批准）互不等同；
 - `Hermes`（科研工作流）的 `approved`（已批准）是主张审批状态，不等同于任务归档；
 - 聊天内容不是科研事实来源，任务目录中的记录才是后续门禁读取对象。
 
-`.trellis/hermes/state_machine.yaml`（科研状态协议）是角色和记录应遵循的协议模板，不是已接入所有命令的状态机引擎。当前实现只在具体校验器中检查部分边界，例如待审批主张必须引用证据，已审批需要真实人工记录。
+`.trellis/hermes/state_machine.yaml`（科研状态协议）仍是角色和科研记录协议，不是通用 claim 状态机引擎。v0.7 只把 task closure（任务收口）的紧凑阶段接入 CLI；claim 审批继续由科研记录和人工门禁处理。
 
 ## 预期结果
 
@@ -58,7 +62,7 @@
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.6.0-beta.31`（测试版）。
+- 版本：`0.7.0-beta.0`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "state_machine|approval-gate|task.py" packages/cli/src/templates`（协议与实现核对）。
 - 结果：任务生命周期有实现支持；科研状态文件已准确标为协议模板。

docs/manual/05-project-setup.md

@@ -79,7 +79,7 @@ python3 ./.trellis/scripts/task.py list
 ## 验证记录
 
 - 日期：2026-07-15。
-- 版本：`0.6.0-beta.31`（测试版）。
+- 版本：`0.7.0-beta.0`（测试版）。
 - 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "options.yes|registry|selectedTemplate" packages/cli/src/commands/init.ts packages/cli/test/commands/init.integration.test.ts`（分支核对）。
 - 结果：默认、交互、指定模板、自定义源和 `-y`（自动确认）的失败行为已分开记录。