Rename distribution to Research Trellis

.github/ISSUE_TEMPLATE/bug_report.yml

@@ -20,7 +20,7 @@ body:
     id: version
     attributes:
       label: Trellis Version
-      description: Output of `trellis --version`
+      description: Output of `research-trellis --version`
     validations:
       required: true
   - type: input

.github/workflows/ci.yml

@@ -36,7 +36,7 @@ jobs:
         run: pnpm build
 
       - name: Hermes preflight
-        run: pnpm --filter trellis-hermes hermes:preflight
+        run: pnpm --filter research-trellis hermes:preflight
 
       - name: Pack publish artifacts
         run: node packages/cli/scripts/release-preflight.js pack-publish-artifacts
@@ -83,26 +83,28 @@ jobs:
           cd "${smoke_dir}"
           npm install --ignore-scripts "${tarballs[@]}"
 
-          expected_version="$(node -p "require('./node_modules/trellis-hermes/package.json').version")"
-          core_version="$(node -p "require('./node_modules/trellis-hermes-core/package.json').version")"
+          expected_version="$(node -p "require('./node_modules/research-trellis/package.json').version")"
+          core_version="$(node -p "require('./node_modules/research-trellis-core/package.json').version")"
           test "${core_version}" = "${expected_version}"
+          test "$(./node_modules/.bin/research-trellis --version)" = "${expected_version}"
           test "$(./node_modules/.bin/trellis --version)" = "${expected_version}"
           test "$(./node_modules/.bin/tl --version)" = "${expected_version}"
+          ./node_modules/.bin/research-trellis --help >/dev/null
           ./node_modules/.bin/trellis --help >/dev/null
           ./node_modules/.bin/tl --help >/dev/null
 
           node --input-type=module <<'NODE'
           import fs from "node:fs";
           import path from "node:path";
 
-          const cliRoot = path.join(process.cwd(), "node_modules/trellis-hermes");
+          const cliRoot = path.join(process.cwd(), "node_modules/research-trellis");
           const cliPackage = JSON.parse(
             fs.readFileSync(path.join(cliRoot, "package.json"), "utf8"),
           );
-          const coreDependency = cliPackage.dependencies?.["trellis-hermes-core"];
+          const coreDependency = cliPackage.dependencies?.["research-trellis-core"];
           if (coreDependency !== cliPackage.version) {
             throw new Error(
-              `trellis-hermes depends on trellis-hermes-core@${coreDependency}, expected exact ${cliPackage.version}`,
+              `research-trellis depends on research-trellis-core@${coreDependency}, expected exact ${cliPackage.version}`,
             );
           }
 
@@ -123,12 +125,12 @@ jobs:
           }
 
           const specifiers = [
-            "trellis-hermes",
-            "trellis-hermes-core",
-            "trellis-hermes-core/channel",
-            "trellis-hermes-core/mem",
-            "trellis-hermes-core/task",
-            "trellis-hermes-core/testing",
+            "research-trellis",
+            "research-trellis-core",
+            "research-trellis-core/channel",
+            "research-trellis-core/mem",
+            "research-trellis-core/task",
+            "research-trellis-core/testing",
           ];
           await Promise.all(specifiers.map((specifier) => import(specifier)));
           NODE

.github/workflows/docs.yml

@@ -25,7 +25,7 @@ permissions:
   id-token: write
 
 concurrency:
-  group: pages
+  group: pages-${{ github.event_name == 'push' && 'deploy' || github.ref }}
   cancel-in-progress: true
 
 jobs:

.github/workflows/publish.yml

@@ -50,7 +50,7 @@ jobs:
           pnpm lint
           pnpm test
           pnpm build
-          pnpm --filter trellis-hermes hermes:preflight
+          pnpm --filter research-trellis hermes:preflight
           node packages/cli/scripts/release-preflight.js check-versions --require-tag
           node packages/cli/scripts/release-preflight.js verify-packed-cli
 

.lintstagedrc

@@ -1,3 +1,3 @@
 {
-  "packages/cli/src/**/*.ts": ["pnpm --filter trellis-hgl exec eslint --fix", "pnpm --filter trellis-hgl exec prettier --write"]
+  "packages/cli/src/**/*.ts": ["pnpm --filter research-trellis exec eslint --fix", "pnpm --filter research-trellis exec prettier --write"]
 }

CONTRIBUTING.md

@@ -9,7 +9,7 @@ Thanks for your interest in contributing to Trellis! This document provides guid
 Before creating a bug report, please check [existing issues](https://github.com/mindfold-ai/Trellis/issues) to avoid duplicates.
 
 When reporting a bug, include:
-- Trellis version (`trellis --version`)
+- Research Trellis version (`research-trellis --version`)
 - Node.js version (`node --version`)
 - Operating system
 - Steps to reproduce

CONTRIBUTING_CN.md

@@ -9,7 +9,7 @@
 提交 Bug 前，请先查看 [已有 Issues](https://github.com/mindfold-ai/Trellis/issues) 避免重复。
 
 报告 Bug 时请包含：
-- Trellis 版本 (`trellis --version`)
+- Research Trellis 版本 (`research-trellis --version`)
 - Node.js 版本 (`node --version`)
 - 操作系统
 - 复现步骤

README.md

@@ -1,30 +1,30 @@
-# Trellis-Hermes
+# Research Trellis
 
 面向科研项目的 `Trellis`（原版 Trellis）实验性改造分支。
 
-[![CI](https://github.com/Explero/Trellis-Hermes/actions/workflows/ci.yml/badge.svg)](https://github.com/Explero/Trellis-Hermes/actions/workflows/ci.yml)
+[![CI](https://github.com/Explero/research-trellis/actions/workflows/ci.yml/badge.svg)](https://github.com/Explero/research-trellis/actions/workflows/ci.yml)
 [![License: AGPL-3.0-or-later](https://img.shields.io/badge/license-AGPL--3.0--or--later-16a34a.svg?style=flat-square)](LICENSE)
 
 这个仓库是在原版 `Trellis`（原版项目）基础上改造出来的科研实验分支，不是上游官方版本，也不代表上游项目立场。它更接近一个科研项目里的工作流工具实验：在原版 Trellis 的任务、规范、平台接入基础上，加入更强的 `Hermes`（科研工作流）记录、门禁和子代理协作约束。
 
 当前状态：可以放进低风险真实科研项目里试部署；不建议直接用于不可回滚的关键项目。
 
-当前 npm 发布包为 `trellis-hermes`（CLI 包）和 `trellis-hermes-core`（核心包）。
+从 `0.6.0-beta.31`（测试版）开始，项目使用 `research-trellis`（CLI 包）和 `research-trellis-core`（核心包），与上游原版名称明确区分。旧包 `trellis-hermes` 和 `trellis-hermes-core` 停留在 `0.6.0-beta.30`（旧测试版），仅用于已有安装迁移。
 
 ## 上游来源与修改声明
 
 本项目基于 `mindfold-ai/Trellis`（上游 Trellis 项目）继续修改，原项目地址为 `https://github.com/mindfold-ai/Trellis`（上游仓库）。
 
 为了避免混淆，这里先说明几个边界：
 
-- `Trellis-Hermes`（科研改造版）不是上游 `Trellis`（原版项目）的官方发布版本；
+- `Research Trellis`（科研改造版）不是上游 `Trellis`（原版项目）的官方发布版本；
 - 仓库中的原始 Trellis 代码、模板、文档结构和许可证声明应继续归属于其原始作者和贡献者；
 - 本仓库新增和改动的部分主要围绕 `Hermes`（科研工作流）、记录门禁、子代理治理、科研计划变更记录和发布前预检；
 - 如果后续公开发布到 `npm`（包平台）或 `GitHub`（代码托管平台），应继续保留上游来源、许可证和修改说明。
 
 ## 这是什么
 
-`Trellis-Hermes`（科研改造版）是一个本地开发工具，用来把 AI 协作开发过程里的关键动作落到仓库文件中：
+`Research Trellis`（科研改造版）是一个本地开发工具，用来把 AI 协作开发过程里的关键动作落到仓库文件中：
 
 - 需求、设计、实现计划和检查记录放进 `.trellis/tasks/`；
 - 项目规范和工作流规则放进 `.trellis/spec/` 与 `.trellis/workflow.md`；
@@ -42,7 +42,7 @@ pnpm install --frozen-lockfile
 pnpm lint
 pnpm test
 pnpm build
-pnpm --filter trellis-hermes hermes:preflight
+pnpm --filter research-trellis hermes:preflight
 ```
 
 这些检查覆盖：
@@ -64,18 +64,18 @@ pnpm --filter trellis-hermes hermes:preflight
 pnpm lint
 pnpm test
 pnpm build
-pnpm --filter trellis-hermes hermes:preflight
+pnpm --filter research-trellis hermes:preflight
 node packages/cli/scripts/release-preflight.js check-versions --require-tag
 node packages/cli/scripts/release-preflight.js verify-packed-cli
 ```
 
-检查通过后，它会先发布 `trellis-hermes-core`（核心包），再发布 `trellis-hermes`（CLI 包），最后从 npm registry 验证两个包是否可见。
+检查通过后，它会先发布 `research-trellis-core`（核心包），再发布 `research-trellis`（CLI 包），最后从 npm registry 验证两个包是否可见。
 
 发布前还需要在 `npm`（包平台）侧完成：
 
-- 创建或认领 `trellis-hermes-core` 与 `trellis-hermes` 两个包；
+- 创建或认领 `research-trellis-core` 与 `research-trellis` 两个包；
 - 给两个包配置 `trusted publishing`（可信发布）；
-- `Owner`（所有者）填写 `Explero`，`Repository`（仓库）填写 `Trellis-Hermes`；
+- `Owner`（所有者）填写 `Explero`，`Repository`（仓库）填写 `research-trellis`；
 - `Workflow filename`（流程文件名）填写 `publish.yml`；
 - `Environment`（环境）填写 `npm-production`。
 
@@ -94,18 +94,28 @@ node packages/cli/scripts/release-preflight.js verify-packed-cli
 
 ## 从源码试用
 
-普通试用可安装已发布的测试版：
+新包发布后，可固定安装本次测试版：
 
 ```bash
-npm install -g trellis-hermes@0.6.0-beta.30
-trellis --version
+npm install -g research-trellis@0.6.0-beta.31
+research-trellis --version
+```
+
+原有 `trellis` 与 `tl` 命令继续可用，便于已有脚本迁移；新文档统一使用 `research-trellis` 作为主命令。
+
+已经安装旧包时，发布后按下面的方式迁移：
+
+```bash
+npm uninstall -g trellis-hermes
+npm install -g research-trellis@0.6.0-beta.31
+research-trellis --version
 ```
 
 需要修改或审阅实现时，再从 GitHub 源码运行：
 
 ```bash
-git clone git@github.com:Explero/Trellis-Hermes.git
-cd Trellis-Hermes
+git clone git@github.com:Explero/research-trellis.git
+cd research-trellis
 corepack enable
 pnpm install --frozen-lockfile
 pnpm build
@@ -117,14 +127,14 @@ pnpm build
 cd /path/to/your/research-project
 git status
 git add .
-git commit -m "chore: checkpoint before Trellis-Hermes trial"
-node /path/to/Trellis-Hermes/packages/cli/bin/trellis.js init -u your-name --claude
+git commit -m "chore: checkpoint before Research Trellis trial"
+node /path/to/research-trellis/packages/cli/bin/trellis.js init -u your-name --claude
 ```
 
 如果项目里已经有 Trellis，可以先用 `update`（更新）而不是重新初始化：
 
 ```bash
-node /path/to/Trellis-Hermes/packages/cli/bin/trellis.js update
+node /path/to/research-trellis/packages/cli/bin/trellis.js update
 ```
 
 执行前请先看清楚提示，涉及覆盖文件时不要盲目确认。
@@ -135,7 +145,7 @@ node /path/to/Trellis-Hermes/packages/cli/bin/trellis.js update
 
 ```text
 准备一个干净 git checkpoint
-→ 初始化或更新 Trellis-Hermes
+→ 初始化或更新 Research Trellis
 → 用自然语言提出一个小任务
 → 让 AI 创建任务并补齐 planning
 → 检查 .trellis/tasks/ 下的 prd/design/implement 产物
@@ -187,7 +197,7 @@ node /path/to/Trellis-Hermes/packages/cli/bin/trellis.js update
 
 这个项目基于原版 `Trellis`（原版 AI coding 工作流工具）继续改造，仍然保留：
 
-- `trellis init` / `trellis update`；
+- `research-trellis init` / `research-trellis update`；
 - `.trellis/spec/` 项目规范；
 - `.trellis/tasks/` 任务系统；
 - 多平台接入模板；
@@ -239,7 +249,7 @@ node /path/to/Trellis-Hermes/packages/cli/bin/trellis.js update
 pnpm lint
 pnpm test
 pnpm build
-pnpm --filter trellis-hermes hermes:preflight
+pnpm --filter research-trellis hermes:preflight
 ```
 
 如果改动涉及 Hermes 模板、hook 或任务流，优先补充对应测试，再看 GitHub Actions 结果。

docs/hermes_deployment_preflight.md

@@ -8,16 +8,16 @@
 1. 先运行 quick gate：
 
 ```bash
-pnpm --filter trellis-hermes hermes:preflight -- --quick
+pnpm --filter research-trellis hermes:preflight -- --quick
 ```
 
 2. 发布前补跑完整验证：
 
 ```bash
-pnpm --filter trellis-hermes exec vitest run test/templates/hermes-runtime.test.ts test/templates/trellis.test.ts test/templates/claude.test.ts test/templates/codex.test.ts test/templates/shared-hooks.test.ts
-PYTHONPYCACHEPREFIX=/tmp/trellis-hermes-pycache python3 -m py_compile packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes/*.py packages/cli/src/templates/shared-hooks/hermes-runtime-guard.py
-pnpm --filter trellis-hermes typecheck
-pnpm --filter trellis-hermes build
+pnpm --filter research-trellis exec vitest run test/templates/hermes-runtime.test.ts test/templates/trellis.test.ts test/templates/claude.test.ts test/templates/codex.test.ts test/templates/shared-hooks.test.ts
+PYTHONPYCACHEPREFIX=/tmp/research-trellis-pycache python3 -m py_compile packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes/*.py packages/cli/src/templates/shared-hooks/hermes-runtime-guard.py
+pnpm --filter research-trellis typecheck
+pnpm --filter research-trellis build
 ```
 
 3. 若 Python 编译后出现 `__pycache__` 或 `.pyc` 在模板目录内，不能发布；用 `gio trash` 或 `trash` 清理后重跑 preflight。

docs/hermes_trellis_research_transformation_plan.md

@@ -327,11 +327,11 @@ P6 部署前安全 gate：
 
 最终验证记录：
 
-- [x] `pnpm --filter trellis-hermes exec vitest run test/templates/hermes-runtime.test.ts test/templates/trellis.test.ts test/templates/claude.test.ts test/templates/codex.test.ts test/templates/shared-hooks.test.ts`：5 个文件、135 个测试通过。
-- [x] `PYTHONPYCACHEPREFIX=/tmp/trellis-hermes-final-pycache python3 -m py_compile packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes/*.py packages/cli/src/templates/shared-hooks/hermes-runtime-guard.py`：通过。
-- [x] `pnpm --filter trellis-hermes test`：44 个文件、1259 个测试通过。
-- [x] `pnpm --filter trellis-hermes typecheck`：通过。
-- [x] `pnpm --filter trellis-hermes build`：通过。
+- [x] `pnpm --filter research-trellis exec vitest run test/templates/hermes-runtime.test.ts test/templates/trellis.test.ts test/templates/claude.test.ts test/templates/codex.test.ts test/templates/shared-hooks.test.ts`：5 个文件、135 个测试通过。
+- [x] `PYTHONPYCACHEPREFIX=/tmp/research-trellis-final-pycache python3 -m py_compile packages/cli/src/templates/trellis/scripts/hermes/*.py packages/cli/src/templates/shared-hooks/hermes-runtime-guard.py`：通过。
+- [x] `pnpm --filter research-trellis test`：44 个文件、1259 个测试通过。
+- [x] `pnpm --filter research-trellis typecheck`：通过。
+- [x] `pnpm --filter research-trellis build`：通过。
 - [x] 模板目录无 `__pycache__` / `.pyc` 缓存污染。
 
 ## 6. 完成定义

docs/manual/01-overview.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 ## 目标
 
-理解 `Trellis-Hermes`（科研改造版）解决什么问题、与上游的关系，以及当前版本不能提供什么。
+理解 `Research Trellis`（科研改造版）解决什么问题、与上游的关系，以及当前版本不能提供什么。
 
 ## 适用范围
 
@@ -11,7 +11,7 @@
 ## 前置条件
 
 - 能管理目标项目中的文件和提交。
-- 接受当前版本为 `0.6.0-beta.30`（测试版）。
+- 接受当前版本为 `0.6.0-beta.31`（测试版）。
 - 不把它当作安全隔离工具或自动科研结论系统。
 
 ## 操作步骤
@@ -43,9 +43,9 @@
 
 ## 验证记录
 
-- 日期：2026-07-14。
-- 版本：`0.6.0-beta.30`（测试版）。
-- 基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`（当前基准）。
+- 日期：2026-07-15。
+- 版本：`0.6.0-beta.31`（测试版）。
+- 更名前基准提交：`9f7dc8497b4782878d6fa7ac3b63eba5bde507df`。
 - 命令：`rg -n "AGPL|Hermes|未实现" README.md docs/manual/appendix-f-feature-status.md`（静态核对）。
 - 结果：项目定位、上游归属、实验性与未实现边界已对齐。
 - 未验证项：生产环境安全性和长期真实科研负载。